越来越多的设施正被连接到互联网，同样被普通的办公室业务系统所间接操控。这将工业厂房暴露在每个个人计算机用户都十分熟悉的各类安全问题之下。电脑入侵变得更有目标针对性了。黑客将他们的病毒软件和重要安全功能一起仅仅发给几台电脑，通常都是为了工业间谍的目的。这意味着病毒和木马可以保持很长一段时间不被发现，在被防毒软件抓到之前，它们已经造成了伤害。

因而有效的厂房和数据保护必须提供全方位且深度的保护。西门子以基于ISA 99之上的“纵深防御概念”符合了这些标准，ISA 99被应用在三个层次：厂房安全、网络安全和访问保护。